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En 1982 fue elegido secretario general de la Conferencia Episcopal Española, permaneciendo en ese cargo hasta 1988. 

Nacido en Calatayud (Zaragoza) el 14 de diciembre de 1929, el 26 de marzo de 1993 fue nombrado arzobispo de Pamplona y obispo de Tudela. El día 15 de mayo, en una ceremonia que se celebró en el frontón Labrit por las obras que se realizaban en la catedral, fue apadrinado por el nuncio apostólico en España, Mario Tagliaferri, “el nuncio de hierro”. 

El Arzobispo Fernando Sebastián fue un hombre de carácter, con buen nivel intelectual y una trayectoria contradictoria. Pasó de ser uno de los discípulos más aventajados de Vicente Enrique y Tarancón, el prelado clave de la Transición, a ser el azote de gais y lesbianas. Decía que la homosexualidad es “una deficiente sexualidad que se puede curar con tratamiento médico”. 

Practicó el conservadurismo, la línea de doctrina marcada por Juan Pablo II y seguida por Ratzinger. En una conferencia que impartió en León en 2007, aseguró que partidos de extrema derecha como la Falange Española de las JONS o Alternativa Española eran “dignos de consideración y de apoyo”. Siempre actuó sin complejos, incluso en una fiesta del Pilar, patrona de la Guardia Civil, llegó a ponerse un tricornio de gala, algo impensable para sus homólogos más cercanos. 

Sebastián llevaba ya casi diez años en Pamplona cuando siendo él vicepresidente, el Episcopado publicó la instrucción pastoral sobre el terrorismo, que incluía un polémico capítulo sobre el nacionalismo. El documento no fue apoyado por los obispos vascos y catalanes. En otro momento escribió que «el nacionalismo radical y totalitario es intrínsecamente anticristiano y donde arraiga asfixia la vida cristiana de las personas y de las familias. El nacionalismo de ETA es un nacionalismo pervertido y perverso», concluía. Sebastián se había obsesionado en los últimos años con la ofensiva laicista, al considerar que «España es la nación de Europa en la que la Iglesia estaba siendo más vapuleada». 

Al llegar a Navarra, una de las primeras misiones de Sebastián fue ‘poner orden’ en el centro teológico de Pamplona, un hervidero de izquierdismo eclesial. Pero no se quedó ahí… dado su gran afán inmatriculador, con nocturnidad y alevosía hizo que la Diócesis navarra se hiciera con más de 1000 bienes patrimoniales que hasta el año 1998 (gracias al amparo del artículo 206 de la Ley hipotecaria que impulsó el ínclito Aznar) no estaban registrados porque pertenecían a los pueblos. Así registró masivamente iglesias, ermitas, cementerios, casas curales, campos, viñedos, frontones… y todo lo que le venía a mano. Como reacción a ese “escándalo monumental” del Episcopado, nació la Plataforma de Defensa del Patrimonio Navarro, que en su andadura y gracias al trabajo desinteresado ha logrado, primero en nuestra Comunidad y después a todo el estado, extender a la ciudadanía el desenfreno registrador de la Iglesia española. De la misma manera, las instituciones locales y estatales se han visto obligadas a tomar cartas en el asunto, aunque desconfiamos que la Iglesia española devuelva todo el patrimonio que ha usurpado a los pueblos. 

Fernando Sebastián al asentarse en la Diócesis de Navarra prometió que aprendería Euskera, cosa que no consiguió. En cierta ocasión, estando paseando con su secretario por el paseo cercano al Club Natación, una persona que tenía alguna función dentro de la catedral se le acercó para saludarle. En ese momento otra persona conocida que se encontraba a corta distancia en voz alta dijo “pregúntale por que no ha aprendido Euskera después de que prometió hacerlo…” En ese momento Fernando Sebastián se volvió violento y enojado hacia él y señalándole con el dedo le dijo “ya lo he intentado.. pero tú no eres nadie para pedirme explicaciones”. Todo un temperamento… 

Su paso por Navarra nos dejó un mal recuerdo. Aquí demostró sobradamente que lo de “Mi reino no es de éste mundo…” no iba con él. En ninguna otra Comunidad, sus homólogos llegaron a las impresionantes cifras de inmatriculaciones registradas en Navarra. A la marcha de Fernando nos llegó Monseñor Francisco Pérez, un ex-general, que en menor medida siguió los pasos inmatriculadores de su antepasado. Descanse en paz.